A Irmandade da Santa Casa da Misericórdia de Santos foi declarada em 26 de novembro de 2007, através da portaria interministerial 3.018, assinada pelos Ministérios da Educação e da Saúde como “Hospital de Ensino”. Com esta certificação recebe cota adicional de recursos para aplicação na melhoria continua da qualidade nos atendimentos, e a excelência no serviço médico hospitalar.

Conta com diversas comissões, entre elas a Comissão de ética em pesquisa, Comissão de documentação médica e estatística, Comissão de óbitos e Comissão interdisciplinar de protocolos de saúde.